Artikels met de tag Biology
-
Snellere mengmodellen in PyMC3
In een vorige post over het clusteren van de Palmer-pinguïns met PyMC3 werd het mengmodel in het model zelf geïmplementeerd. Dat is uitstekend om te begrijpen wat er gebeurt, maar niet erg efficiënt bij het samplen van het model. Bovendien werden waarnemingen (hier pinguïns) aan groepen (hier de pinguïnsoorten) toegewezen...
-
Capture-Mark-Recapture-model in PyMC3
Stel dat je wilt weten hoeveel vissen er in een vrij grote vijver zitten… Het water is troebel, dus ze eenvoudig tellen kun je vergeten… In de ecologie is dit een veelvoorkomend probleem! Vaak moet de populatiegrootte van een soort bekend zijn, maar het is onpraktisch of simpelweg onmogelijk om...
-
De pinguïndata van Palmer Station clusteren met PyMC3
Deze post draait om het afleiden van de soort waaruit verschillende waarnemingen afkomstig zijn, zonder toegang te hebben tot de labels. Dat klinkt misschien vergezocht, maar in de biologie komt het vaker voor dan je zou verwachten! Bij grote dieren vind je meestal duidelijke verschillen tussen soorten, maar bij nematoden...